Lors de l’invasion de Naboo par la Fédération du Commerce, le maître Jedi Qui-Gon Jinn sauva Jar-Jar alors qu’il allait être écrasé par une barge de débarquement de la Fédération. Dès lors, Jar Jar jura fidélité au maître Jedi et le suivit partout. Il l’aida, ainsi qu’Obi-Wan Kenobi, à se mettre à l’abri dans la cité Gungan, bien qu’il sût qu’il allait être puni pour cet acte. Mais Qui-Gon usa de la Force pour le faire échapper à une punition. Suite à de nombreuses aventures avec les Jedis et la reine Amidala, Jar-Jar aida celle-ci à obtenir l’aide des Gungans pour libérer Naboo du joug de la Fédération du Commerce. Grâce à lui, les deux peuples scellèrent une alliance, ce qui valut à Jar Jar le titre de général dans la grande armée des Gungans. Sa maladresse lui servit ensuite involontairement à éliminer plusieurs droïds lors de la bataille qui s'en suivit. Après la défaite de la Fédération du Commerce, Jar Jar fut réadmis parmi son peuple.

Il devint ensuite plusieurs années plus tard le représentant du peuple Gungan au Sénat Galactique, où il secondait la sénatrice Amidala, ancienne reine de Naboo. Lorsque celle-ci dut quitter Coruscant et prendre la fuite sur Naboo pour sa sécurité, Jar Jar prit sa place au Sénat. Il fut alors sans le savoir à l'origine d'un bouleversement irrémédiable pour la République. C'est en effet lui qui proposa au Sénat l'idée de donner provisoirement les pleins pouvoirs au chancelier Palpatine, ce qui précipita, entre autres conséquences, l'avènement de l'Empire.